Im Hirtenbrief vom 20. Nov. 1883 wies der Münchener Erzbischof Anton v. Steichele darauf hin, daß durch das schnelle Wachstum der Stadt München dringendst drei neue Kirchen benötigt würden: St. Benno, St. Paul und St. Maximilian. Obwohl die 3 Bezirke in einem Zentral-Kirchenbauverein zusammengefaßt waren, gründte jeder doch nochmals einen eigenen, um die Gläubigen intensiver zu erfassen. In St. Maximilian entstand er noch 1883. Die Mutterpfarrei Hl. Geist umfaßte damals 50.000 Seelen! Die alten Kirchen reichten nicht einmal mehr zum Schulgottesdienst aus. Man richtete deshalb zunächst 1893, als der Kirchenneubau wegen fehlendem Geldes immer noch nicht begonnen war, in der ehemaligen Schulbaracke an der Auenstraße eine Notkirche ein

Innerhalb von 2 Jahren sammelte man 100.000 Mark, die Stadtgemeinde schenkte den Platz für Kirche und Pfarrhof, gab noch dazu 150.000 Mark Zuschuß, der bayerische Staat bewilligte 55.000 Mark Eine Lotterie erbarchte zusätzlich 128.000 Mark. Nun konnte man an den Beginn des Baus denken, der - wie damnals üblich - sehr teuer werden sollte.Unter 96 Plänen von Künstlern wurden 9 prämiert, darunter das Projekt von Heinrich Freiherr v. Schmidt. Er sah eine neugotische Kirche vor, war doch sein Vater Dombaumeister von St. Stepahn in Wien. Der Kirchenbauverein aber wünschte ein billigeres Projekt und v. Schmidt legte 2 neuromanische Pläne vor, von denen der letztere mit einem Kostenvoranschlag von 930.000 Mark angenommen und am 6. Dezember 1894 genehmigt wurde. Man fühlte den Umbruch der Zeit: Von der Neugotik wandte man sich jetzt der Neuromanik zu.

Während des 2. Weltkriegs wurde die Kirche bei Luftangriffen vom September 1943 bis zum November 1944 mehrmals getroffen und stark zerstört. Seit Ostern 1946 konnte im rechten Seitenschiff, das als Notkirche hergerichtet war, wieder Gottesdienst gefeiert werden.

1949 begann der Wiederaufbau. Am 11. Oktober 1953 nahm Weihbischof Johannes Neuhäusler die Weihe des Hochaltars vor. Anschließend erfolgte schrittweise die neue Ausgestaltung des Kirchenraums.